雞新城疫目前雖然有多種疫苗和免疫方法，但是該病在我國的發病率卻仍是居高不下，而各種因素對疫苗免疫的影響是造成免疫失敗、該病多發的主要原因。
一、雛雞母源抗體高、離散性大
對策：采用弱毒苗與滅活苗同時免疫
雛雞母源抗體高、離散度大的原因之一是由于種雞群的年齡不同，免疫次數、方法和時間不一，以及不同批次種蛋同時入孵等原因，致使雛雞群體和個體之間母源抗體水平差異很大，從而影響免疫效果的一致性；二是被污染野毒的雞群，母源抗體水平較高，離散性很大。若不考慮雞群的具體情況就進行弱毒苗的免疫，則會有相當數量的雞只因母源抗體的干擾而不能達到預期免疫效果。
克服母源抗體對雛雞免疫效果影響的最好辦法，是采用弱毒苗與滅活苗同時免疫，其中活苗可刺激呼吸道黏膜產生局部免疫；滅活苗注射后則釋放緩慢，可持續刺激機體免疫系統，產生最佳的體液免疫，使抗體水平高，維持時間長。
因此，雛雞應在7-10日齡用弱毒苗點眼，同時注射滅活苗，應該注意的是滅活苗產生抗體反應緩慢，通常需3周后才出現抗體。所以，可于18-21日齡進行第二次活苗點眼（鼻）或飲水（4倍量）。
二、免疫抑制因素的影響
對策：減少免疫抑制因素，提高免疫力
免疫抑制也是導致新城疫免疫失敗的重要原因，這里包括免疫抑制病對新城疫的免疫干擾，也包括其它疾病和不良環境因素或應激造成的機體免疫功能下降。 免疫抑制病主要有腫瘤病毒[馬立克氏病毒、網狀內皮細胞增生癥病毒、禽白血病病毒（J亞群禽白血病病毒)]、呼吸道病毒（禽流感病毒、傳染性喉氣管炎病毒、禽呼腸孤病毒）和中樞免疫抑制病毒（雞傳染性貧血病毒、傳染性法氏囊病毒）等。 網狀內皮細胞增生癥病毒的亞臨床感染在我國雞群中相當普遍，特別是常與新城疫病毒、J亞群禽白血病病毒和雞傳染性貧血病毒等混合感染，這種情況下對新城疫造成的免疫抑制更為嚴重，通過對禽流感病毒（H5、H9）及新城疫病毒免疫抗體檢測發現，其抗體水平均表現低下，特別是網狀內皮細胞增生癥病毒與其它病毒共同感染時，均在免疫抑制效應上表現很強的協同抑制作用。
三、疫苗質量和疫苗間干擾
對策：采用濃縮疫苗，合理免疫
疫苗質量與制苗種毒的免疫原性和抗原含量有關 抗原含量國際上用PD50表示（PD50即保護50%的最小免疫劑量），合格疫苗每頭份（0.5毫升）應含＞50 PD50，（即將疫苗50倍稀釋，0.5毫升免疫仍能保護50%，為1個PD50）。國內規定，用新城疫油苗對10只1~2月齡易感雞注射0.2毫升油苗，3~4周后用10-8 ELD50的F48E9強毒攻擊至少保護7只以上，而5只對照雞全部死亡。
優質的油苗肌注15日齡雛雞0.2毫升，HI抗體達6~7log2，可保護3個月；肌注120日齡或成雞0.5毫升，HI抗體達11~14log2以上，可保護8個月以上。
劣質的油苗除種毒免疫原性差等原因外，主要是因為疫苗中病毒含量不足，建議臨床應用時要采用濃縮的新城疫油苗，特別是聯苗。
疫苗間的干擾 傳染性支氣管炎病毒可對新城疫病毒繁殖產生干擾，用新城疫病毒接種雞胚，HA效價為640；先接種傳染性支氣管炎病毒數小時后再接種新城疫病毒，HA效價降為40～80。傳染性支氣管炎疫苗如果先于新城疫疫苗免疫時，對新城疫活苗免疫效果也有干擾作用，因此新城疫活苗免疫應先于傳染性支氣管炎疫苗免疫7天以上，或用新城疫和傳染性支氣管炎聯苗免疫。
傳染性法氏囊疫苗對新城疫疫苗免疫效果的影響主要是強毒傳染性法氏囊活苗免疫后可造成法氏囊萎縮，從而影響新城疫疫苗的體液免疫，所以在進行傳染性法氏囊疫苗免疫應不用毒力強的疫苗。
四、免疫程序不合理
對策：制定免疫程序時考慮局部免疫
免疫程序不合理,不知抗體水平而頻繁免疫造成免疫麻痹或盲目推遲免疫出現免疫空白，是導致免疫失敗的重要原因之一。
在制定免疫程序時務必考慮活毒疫苗的局部免疫，如果僅用滅活疫苗，呼吸道、消化道黏膜和生殖道等局部的免疫保護大多不足。在缺少局部免疫抗體時，機體需要有更高的循環抗體才能阻止新城疫的感染。所以開產后的雞群每2-3個月應用活毒疫苗點眼（鼻）氣霧或飲水一次，以提高呼吸道黏膜的局部免疫力，每隔3-4個月油苗免疫一次，以維持高水平抗體免疫。
推薦蛋雞、種雞采用以下免疫程序：7-10日齡IV系點眼；14-18日齡IV系點眼，同時注射滅活油苗；50-60日齡I系肌注；110-120日齡肌肉注射滅活油苗；240-260日齡再次注射滅活油苗。開產后每2-3個月用活苗飲水1次，每隔3-4個月用油劑滅活苗一次。 肉雞建議7-10日齡用IV系點眼，同時注射滅活苗，如遇生長期較長的肉雞品種，則應在40日齡后肌注I系或氣霧免疫IV系苗。
五、野毒（包括超強毒）污染
對策：定期進行抗體監測
受新城疫污染的雞群HI抗體水平偏高，且離散性較大，最好先監測HI抗體，免疫后再定期監測抗體，及時補防，以免新城疫再次感染。
正常雞群免疫后抗體可迅速上升，維持一段時間后再有規律地下降，而新城疫污染的雞群HI抗體水平偏高，且離散性較大，用新城疫疫苗免疫后抗體水平往往不見上升或略有上升，但抗體的衰落較正常免疫的雞群快，因此在作新城疫免疫時必須弄清被免雞群的背景情況，對有呼嚕、產蛋下降或可疑雞群，免疫時應慎重，最好先監測HI抗體，免疫后再定期監測抗體，及時補防，以免新城疫再次感染。
另外，有應激因素存在、營養不良、免疫操作不當及濫用藥物等因素也可引起機體發生免疫失敗。